Sil kasalligini tashxislash va dori-darmonlarga chidamlilikni aniqlash uchun yangi qurol: Sil kasalligiga yuqori sezuvchanlik diagnostikasi uchun mashina o'rganish bilan birgalikda yangi avlod maqsadli ketma-ketligi (tNGS)
Adabiyotlar hisoboti: KT: tNGS va mashinani o'rganishga asoslangan diagnostika modeli, u kamroq bakterial sil va sil kasalligi meningitiga chalingan odamlar uchun mos keladi.
Tezis nomi: Sil kasalligiga yo'naltirilgan keyingi avlod ketma-ketligi va mashinani o'rganish: o'pka naychalari va naychali meningit uchun o'ta sezgir diagnostika strategiyasi.
Davriy nashr: 《Clinica Chimica Acta》
Agar: 6.5
Nashr qilingan sana: 2024-yil yanvar
Xitoy Fanlar akademiyasi universiteti va Poytaxt tibbiyot universitetining Pekin ko'krak qafasi kasalxonasi bilan birgalikda Macro & Micro-Test yangi avlod maqsadli sekvenlash (tNGS) texnologiyasi va mashinani o'rganish usuliga asoslangan sil kasalligi diagnostikasi modelini yaratdi, bu kam bakteriyalar va sil kasalligi meningitini aniqlash uchun juda yuqori sezgirlikni ta'minladi, ikki turdagi sil kasalligini klinik tashxislash uchun yangi yuqori sezuvchanlik diagnostikasi usulini taqdim etdi va sil kasalligini aniq tashxislash, dori-darmonlarga chidamliligini aniqlash va davolashga yordam berdi. Shu bilan birga, bemorning plazma cfDNKsi TBM tashxisida klinik namunalar olish uchun mos namuna turi sifatida ishlatilishi mumkinligi aniqlandi.
Ushbu tadqiqotda ikkita klinik kohortani yaratish uchun 227 ta plazma namunalari va orqa miya suyuqligi namunalari ishlatilgan, bunda laboratoriya diagnostika kohortasi namunalari sil kasalligini tashxislashning mashinaviy o'rganish modelini yaratish uchun ishlatilgan va klinik diagnostika kohortasi namunalari belgilangan diagnostika modelini tekshirish uchun ishlatilgan. Barcha namunalar avval Mycobacterium tuberculosis uchun maxsus ishlab chiqilgan maqsadli ushlash zond puli tomonidan nishonga olingan. Keyin, TB-tNGS ketma-ketlik ma'lumotlariga asoslanib, qaror daraxti modeli laboratoriya diagnostika navbatining o'quv va tasdiqlash to'plamlarida 5 karra o'zaro tasdiqlashni amalga oshirish uchun ishlatiladi va plazma namunalari va orqa miya suyuqligi namunalarining diagnostika chegaralari olinadi. Olingan chegara aniqlash uchun klinik diagnostika navbatining ikkita sinov to'plamiga kiritiladi va o'rganuvchining diagnostika samaradorligi ROC egri chizig'i orqali baholanadi. Nihoyat, sil kasalligini tashxislash modeli olindi.
1-rasm. Tadqiqot dizaynining sxematik diagrammasi
Natijalar: Ushbu tadqiqotda aniqlangan CSF DNK namunasi (AUC = 0.974) va plazma cfDNK namunasining (AUC = 0.908) o'ziga xos chegaralariga ko'ra, 227 ta namunalar orasida CSF namunasining sezgirligi 97.01%, o'ziga xosligi 95.65%, plazma namunasining sezgirligi va o'ziga xosligi esa 82.61% va 86.36% ni tashkil etdi. TBM bemorlaridan olingan plazma cfDNK va orqa miya suyuqligi DNKsining 44 juft namunalarini tahlil qilishda ushbu tadqiqotning diagnostika strategiyasi plazma cfDNK va orqa miya suyuqligi DNKsida 90.91% (40/44) yuqori konsistentsiyaga ega va sezgirligi 95.45% (42/44) ni tashkil qiladi. O'pka sil kasalligi bilan og'rigan bolalarda ushbu tadqiqotning diagnostika strategiyasi xuddi shu bemorlardan olingan me'da shirasining namunalarini Xpert aniqlash natijalariga qaraganda plazma namunalariga sezgirroqdir (28.57% VS 15.38%).
2-rasm. Populyatsiya namunalari uchun sil kasalligi diagnostikasi modelining tahlil samaradorligi
3-rasm. Juft namunalarning diagnostika natijalari
Xulosa: Ushbu tadqiqotda sil kasalligi uchun o'ta sezgir diagnostika usuli yaratildi, bu oligobakteriyalar sil kasalligi bilan og'rigan klinik bemorlar uchun eng yuqori aniqlash sezgirligiga ega diagnostika vositasini taqdim etishi mumkin (salbiy madaniyat). Plazma cfDNK asosida o'ta sezgir sil kasalligini aniqlash faol sil va sil kasalligi meningiti tashxisi uchun mos namuna turi bo'lishi mumkin (miya sil kasalligiga shubha qilingan bemorlar uchun plazma namunalarini to'plash orqa miya suyuqligiga qaraganda osonroq).
Asl havola: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
Makro va mikro-test sil kasalligini aniqlash seriyali mahsulotlarining qisqacha taqdimoti
Sil kasalligi bilan og'rigan bemorlarning murakkab namunaviy holati va turli ehtiyojlarini hisobga olgan holda, Macro & Micro-Test balg'am namunalaridan suyuqlashtirish yo'li bilan ajratib olish, Qualcomm kutubxonasini yaratish va ketma-ketligini aniqlash hamda ma'lumotlarni tahlil qilish uchun NGS yechimlarining to'liq to'plamini taqdim etadi. Mahsulotlar sil kasalligi bilan og'rigan bemorlarni tezkor tashxislash, sil kasalligining dori-darmonlarga chidamliligini aniqlash, mikobakteriya tuberkulyozi va NTM tipini aniqlash, bakteriya-manfiy sil kasalligi va sil kasalligi bilan og'rigan odamlarda yuqori sezuvchanlik diagnostikasi va boshqalarni qamrab oladi.
Sil va mikobakteriyalarni ketma-ket aniqlash to'plamlari:
| Mahsulot raqami | mahsulot nomi | mahsulot sinovi tarkibi | namuna turi | tegishli model |
| HWTS-3012 | Namuna chiqarish agenti | Balg'am namunalarini suyultirish bilan davolashda qo'llaniladigan ushbu mahsulot birinchi darajali rekord raqamga ega, Sutong Machinery Equipment 20230047. | balg'am | |
| HWTS-NGS-P00021 | Yuqori sezgir sil kasalligi uchun Qualcomm miqdorini aniqlash to'plami (zondni ushlash usuli) | Bakteriyalarga salbiy ta'sir ko'rsatadigan o'pka sil kasalligi va miya tugunlari uchun invaziv bo'lmagan (suyuq biopsiya) yuqori sezuvchanlikni aniqlash; Sil kasalligi yoki sil kasalligiga chalinmagan mikobakteriyalar bilan kasallangan deb gumon qilingan odamlarning namunalari yuqori chuqurlikdagi sekvenlash metagenomikasi yordamida tahlil qilindi va sil kasalligi yoki sil kasalligiga chalinmagan mikobakteriyalar yuqtirilganligini aniqlash ma'lumotlari va mikobakteriya tuberkulyozining asosiy birinchi darajali dori qarshiligi haqida ma'lumotlar taqdim etildi. | Periferik qon, alveolyar lavaj suyuqligi, gidrotoraks va assit, fokus ponksiyon namunasi, orqa miya suyuqligi. | Ikkinchi avlod |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakteriyalarni tiplash va dori qarshiligini aniqlash to'plami (multipleks amplifikatsiya ketma-ketligi usuli) | MTBC va 187 NTM ni o'z ichiga olgan Mycobacterium tiping testi；Mycobacterium tuberculosis ning dori qarshiligini aniqlash 13 ta dori vositasini va dori qarshiligi genlarining 16 ta asosiy mutatsiya joylarini qamrab oladi. | Balg'am, alveolyar lavaj suyuqligi, gidrotoraks va assit, fokusli ponksiyon namunasi, orqa miya suyuqligi. | Ikkinchi/uchinchi avlod ikki platformali |
Asosiy xususiyatlar: HWTS-NGS-T001 Mikobakteriyalarni tiplash va dori qarshiligini aniqlash to'plami (multipleks kuchaytirish usuli)
Mahsulot taqdimoti
Mahsulot JSST sil kasalligini davolash bo'yicha ko'rsatmalarida tasvirlangan asosiy birinchi va ikkinchi qator dorilarga, NTM davolash bo'yicha ko'rsatmalarda keng qo'llaniladigan makrolidlar va aminoglikozidlarga asoslangan bo'lib, dori qarshiligi joylari JSST Mycobacterium tuberculosis kompleks mutatsiya katalogidagi dori qarshiligi bilan bog'liq barcha joylarni, shuningdek, uyda va xorijda yuqori ball olgan adabiyotlarni o'rganish va statistikasiga ko'ra, boshqa xabar qilingan dori qarshiligi genlari va mutatsiya joylarini qamrab oladi.
Tiplash identifikatsiyasi Xitoy sil va nafas olish kasalliklari jurnali tomonidan nashr etilgan NTM ko'rsatmalarida umumlashtirilgan NTM shtammlariga va mutaxassislarning konsensusiga asoslangan. Loyihalashtirilgan tiplash primerlari 190 dan ortiq NTM turlarini kuchaytirishi, ketma-ketlashtirishi va izohlashi mumkin.
Maqsadli multipleks PZR amplifikatsiya texnologiyasi orqali Mycobacterium ning genotiplash genlari va dori-darmonlarga chidamli genlari multipleks PZR orqali amplifikatsiya qilindi va aniqlanadigan maqsadli genlarning amplikon kombinatsiyasi olindi. Amplifikatsiyalangan mahsulotlar ikkinchi avlod yoki uchinchi avlod yuqori o'tkazuvchanlikdagi sekvenlash kutubxonalariga tuzilishi mumkin va barcha ikkinchi avlod va uchinchi avlod sekvenlash platformalari maqsadli genlarning ketma-ketlik ma'lumotlarini olish uchun yuqori chuqurlikdagi sekvenlashga duchor qilinishi mumkin. O'rnatilgan ma'lumotnoma ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan ma'lum mutatsiyalar (JSST Mycobacterium tuberculosis kompleks mutatsiya katalogi va uning dori-darmonlarga chidamlilik bilan bog'liqligi) bilan taqqoslash orqali silga qarshi dorilarning dori-darmonlarga chidamliligi yoki sezuvchanligi bilan bog'liq mutatsiyalar aniqlandi. Macro & Micro-Test ning o'z-o'zidan ochilgan balg'am namunalarini davolash eritmasi bilan birgalikda klinik balg'am namunalarining past nuklein kislota amplifikatsiya samaradorligi muammosi (an'anaviy usullarga qaraganda o'n baravar yuqori) hal qilindi, shuning uchun dori-darmonlarga chidamlilik sekvensiyasini aniqlash to'g'ridan-to'g'ri klinik balg'am namunalariga qo'llanilishi mumkin.
Mahsulotni aniqlash diapazoni
34dori qarshiligi bilan bog'liq genlar18silga qarshi dorilar va6NTM dorilari aniqlandi, jumladan297dori qarshilik joylari; O'n turdagi Mycobacterium tuberculosis va undan ko'p190NTM turlari aniqlandi.
1-jadval: 18+6 +190+NTM dorilari haqida ma'lumot
Mahsulot afzalligi
Kuchli klinik moslashuvchanlik: balg'am namunalarini madaniyatsiz o'z-o'zini suyultirish vositasi yordamida to'g'ridan-to'g'ri aniqlash mumkin.
Eksperimental operatsiya oddiy: kuchaytirish operatsiyasining birinchi bosqichi oddiy va kutubxona qurilishi 3 soat ichida yakunlanadi, bu esa ish samaradorligini oshiradi.
Keng qamrovli tiplash va dori qarshiligi: klinik tashvishning asosiy nuqtalari bo'lgan MTB va NTM tiplash va dori qarshiligi joylarini qamrab olish, aniq tiplash va dori qarshiligini aniqlash, mustaqil tahlil dasturini qo'llab-quvvatlash va bir marta bosish orqali tahlil hisobotlarini yaratish.
Moslik: mahsulot mosligi, asosiy ILM va MGI/ONT platformalariga moslashish.
Mahsulot spetsifikatsiyasi
| Mahsulot kodi | mahsulot nomi | Aniqlash platformasi | texnik xususiyatlar |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakteriyalarni tiplash va dori qarshiligini aniqlash to'plami (multipleks amplifikatsiya usuli) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Joylashtirilgan vaqt: 2024-yil 23-yanvar