Sil kasalligi diagnostikasi va dorilarga chidamliligini aniqlash uchun yangi qurol: Silga yuqori sezuvchanlik diagnostikasi uchun mashinani o'rganish bilan birlashtirilgan yangi avlod maqsadli ketma-ketlik (tNGS)
Adabiyot hisoboti: CCa: tNGS va mashinani o'rganishga asoslangan diagnostika modeli, u kamroq bakterial sil va tuberkulyoz meningitli odamlar uchun mos keladi.
Dissertatsiya nomi: Silga yo'naltirilgan keyingi avlod sekvensiyasi va mashinani o'rganish: o'pka tubulyarlari va quvurli meningit uchun ultra sezgir diagnostika strategiyasi.
Davriy nashr: 《Clinica Chimica Acta》
AGAR: 6.5
Nashr qilingan sana: 2024 yil yanvar
Xitoy Fanlar akademiyasi universiteti va Poytaxt tibbiyot universitetining Pekin ko'krak kasalxonasi bilan birgalikda Makro va Micro-Test yangi avlod maqsadli ketma-ketlik (tNGS) texnologiyasi va mashinani o'rganish usuliga asoslangan sil kasalligi diagnostikasi modelini yaratdi, bu sil kasalligini juda yuqori sezuvchanlikni ta'minladi, bu esa bir nechta bakteriya va tuberkulyoz meningitning ikki turi uchun yuqori sezuvchanlik diagnostikasini ta'minladi. sil kasalligini aniqladi va sil kasalligini aniq tashxislash, dorilarga chidamliligini aniqlash va davolashga yordam berdi. Shu bilan birga, bemorning plazmasi cfDNK dan TBM tashxisida klinik namuna olish uchun mos namuna turi sifatida foydalanish mumkinligi aniqlandi.
Ushbu tadqiqotda 227 ta plazma namunalari va miya omurilik suyuqligi namunalari ikkita klinik kogortani yaratish uchun ishlatilgan, ularda laboratoriya diagnostik kogorta namunalari sil kasalligini tashxislashning mashina o'rganish modelini yaratish uchun ishlatilgan va belgilangan diagnostika modelini tekshirish uchun klinik diagnostik kohort namunalari ishlatilgan. Barcha namunalar birinchi bo'lib Mycobacterium tuberculosis uchun maxsus mo'ljallangan maqsadli ushlash prob hovuzi tomonidan nishonga olingan. Keyinchalik, TB-tNGS ketma-ketligi ma'lumotlariga asoslanib, qaror daraxti modeli laboratoriya diagnostika navbatining o'qitish va tekshirish to'plamlarida 5 marta o'zaro tekshirishni amalga oshirish uchun ishlatiladi va plazma namunalari va miya omurilik suyuqligi namunalarining diagnostik chegaralari olinadi. Olingan chegara aniqlash uchun klinik diagnostika navbatining ikkita test to'plamiga kiritiladi va o'quvchining diagnostika samaradorligi ROC egri chizig'i bilan baholanadi. Nihoyat, sil kasalligining diagnostika modeli olindi.
1-rasm tadqiqot loyihasining sxematik diagrammasi
Natijalar: Ushbu tadqiqotda aniqlangan CSF DNK namunasining (AUC = 0,974) va plazma cfDNK namunasining (AUC = 0,908) o'ziga xos chegaralariga ko'ra, 227 namunalar orasida CSF namunasining sezgirligi 97,01%, o'ziga xosligi 95,65%, sezgirlik va namunaning sezgirligi6 va o'ziga xosligi18 edi. 86,36%. TBM bilan og'rigan bemorlarning plazma cfDNK va miya omurilik suyuqligi DNKsining 44 juft juft namunalarini tahlil qilishda ushbu tadqiqotning diagnostika strategiyasi plazma cfDNK va miya omurilik suyuqligi DNKsida 90,91% (40/44) yuqori konsistensiyaga ega va sezgirlik 95,44% ni tashkil qiladi (42/42). O'pka sili bilan og'rigan bolalarda ushbu tadqiqotning diagnostika strategiyasi xuddi shu bemorlardan olingan me'da shirasi namunalarining Xpert aniqlash natijalariga qaraganda plazma namunalariga nisbatan sezgirroqdir (28,57% VS 15,38%).
Shakl 2. Populyatsiya namunalari uchun sil kasalligi diagnostikasi modelini tahlil qilish
3-rasm Juftlangan namunalarning diagnostika natijalari
Xulosa: Ushbu tadqiqotda sil kasalligi uchun yuqori sezgir diagnostika usuli o'rnatildi, bu oligobatsiller sil kasalligi (salbiy madaniyat) bilan og'rigan klinik bemorlar uchun eng yuqori sezuvchanlikka ega diagnostika vositasini taqdim etishi mumkin. Plazma cfDNK asosida o'ta sezgir sil kasalligini aniqlash faol sil va tuberkulyoz meningit diagnostikasi uchun mos namuna turi bo'lishi mumkin (miya siliga shubha qilingan bemorlar uchun plazma namunalarini to'plash miya omurilik suyuqligiga qaraganda osonroqdir).
Asl havola: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? %3Dihub orqali
Silni aniqlash uchun makro va mikro-test seriyali mahsulotlar haqida qisqacha ma'lumot
Sil kasalligi bilan og'rigan bemorlarning murakkab namunaviy holati va turli xil ehtiyojlarni hisobga olgan holda, Macro & Micro-Test balg'am namunalaridan suyultirish, Qualcomm kutubxonasini qurish va tartiblash va ma'lumotlarni tahlil qilish uchun NGS yechimlarining to'liq to'plamini taqdim etadi. Mahsulotlar sil kasalligiga chalingan bemorlarga tezkor diagnostika, sil kasalligining dori-darmonlarga chidamliligini aniqlash, sil mikobakteriyalari va NTM turlarini aniqlash, bakterial-manfiy sil va sil kasalligining yuqori sezuvchanlik diagnostikasi va boshqalarni o'z ichiga oladi.
Sil va mikobakteriyalarni aniqlash uchun seriyali to'plamlar:
| Element raqami | mahsulot nomi | mahsulot sinovi tarkibi | namuna turi | amaldagi model |
| HWTS-3012 | Namuna chiqarish agenti | Balg'am namunalarini suyultirishda qo'llaniladigan birinchi darajali rekord raqamga ega bo'ldi, Sutong Machinery Equipment 20230047. | balg'am | |
| HWTS-NGS-P00021 | O'ta sezgir sil kasalligi uchun Qualcomm miqdorini aniqlash to'plami (zondni ushlash usuli) | Bakteriyalar-salbiy o'pka tuberkulyozi va miya tugunlari uchun invaziv bo'lmagan (suyuq biopsiya) yuqori sezuvchanlikni aniqlash; Sil yoki sil kasali bo'lmagan mikobakteriyalar bilan kasallangan deb gumon qilingan odamlarning namunalari yuqori chuqurlikdagi ketma-ketlik metagenomikasi yordamida tahlil qilindi va sil yoki silga qarshi bo'lmagan mikobakteriyalar yuqtirilganligini aniqlash ma'lumotlari va tuberkulyoz mikobakteriyalarining asosiy birinchi darajali dorilarga chidamliligi haqida ma'lumot berildi. | Periferik qon, alveolyar yuvish suyuqligi, gidrotoraks va astsit, fokus ponksiyon namunasi, miya omurilik suyuqligi. | Ikkinchi avlod |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakteriyalarni tiplash va dori qarshiligini aniqlash to'plami (ko'p qirrali kuchaytirish sekvensiyasi usuli) | Mikobakteriyalarni yozish testi, shu jumladan MTBC va 187 NTM；Mycobacterium tuberculosis ning dori-darmonlarga chidamliligini aniqlash 13 ta dori vositasini va dori chidamliligi genlarining 16 asosiy mutatsion joylarini qamrab oladi. | Balg'am, alveolyar yuvish suyuqligi, gidrotoraks va astsit, fokus ponksiyon namunasi, miya omurilik suyuqligi. | Ikkinchi/uchinchi avlod dual platformasi |
Diqqatga sazovor joylar: HWTS-NGS-T001 Mikobakteriyalarni tiplash va dori qarshiligini aniqlash to'plami (multipleksli kuchaytirish usuli)
Mahsulot taqdimoti
Mahsulot JSST sil kasalligini davolash boʻyicha yoʻriqnomalarida tasvirlangan asosiy birinchi va ikkinchi qator dori vositalariga, NTM davolash boʻyicha koʻrsatmalarda keng qoʻllaniladigan makrolidlar va aminoglikozidlarga asoslangan va dori-darmonlarga chidamlilik joylari JSST Mycobacterium tuberculosis kompleks mutatsiyalar katalogidagi dorilarga qarshilik bilan bogʻliq boʻlgan barcha bir guruh guruhlarni qamrab oladi, shuningdek, mutatsiyalar va boshqa mutatsiyalarga chidamli genlarni tekshirish va boshqa xabar qilingan dori-darmonlarga chidamliligi yuqori. mahalliy va chet eldagi adabiyotlar.
Yozishni identifikatsiyalash Xitoy sil va nafas olish kasalliklari jurnali tomonidan nashr etilgan NTM ko'rsatmalarida umumlashtirilgan NTM shtammlari va mutaxassislarning konsensusiga asoslanadi. Ishlab chiqilgan matn terish astarlari 190 dan ortiq NTM turlarini kuchaytirishi, ketma-ketligi va izohlashi mumkin.
Maqsadli multipleks PCR kuchaytirish texnologiyasi orqali Mycobacteriumning genotiplash genlari va dori-darmonlarga chidamli genlari multipleks PCR bilan kuchaytirildi va aniqlanishi kerak bo'lgan maqsadli genlarning amplikon birikmasi olindi. Kuchaytirilgan mahsulotlar ikkinchi avlod yoki uchinchi avlod yuqori mahsuldorlikdagi ketma-ketlik kutubxonalariga tuzilishi mumkin va barcha ikkinchi avlod va uchinchi avlod sekvensiya platformalari maqsadli genlarning ketma-ketlik ma'lumotlarini olish uchun yuqori chuqurlikdagi ketma-ketlikka duchor bo'lishi mumkin. O'rnatilgan ma'lumot bazasida mavjud bo'lgan ma'lum mutatsiyalar (jumladan, JSST Mycobacterium tuberculosis kompleks mutatsiyalar katalogi va uning dorilarga chidamliligi bilan bog'liqligi) bilan solishtirganda, dorilarga chidamliligi yoki silga qarshi dorilarning sezgirligi bilan bog'liq mutatsiyalar aniqlandi. Macro & Micro-Testning o'z-o'zidan ochilgan balg'am namunasini davolash eritmasi bilan birgalikda klinik balg'am namunalarining nuklein kislotasini kuchaytirish samaradorligi pastligi (an'anaviy usullardan o'n baravar yuqori) muammosi hal qilindi, shuning uchun dori-darmonlarga chidamlilik ketma-ketligini aniqlash to'g'ridan-to'g'ri klinik balg'am namunalariga qo'llanilishi mumkin.
Mahsulotni aniqlash diapazoni
34dorilarga qarshilik bilan bog'liq genlar18silga qarshi dorilar va6NTM dori vositalari aniqlangan, qamrab olgan297dorilarga qarshilik ko'rsatish joylari; Mycobacterium tuberculosisning o'n turi va undan ko'p190NTM turlari aniqlandi.
1-jadval: 18+6 Dori+190+NTM ma’lumotlari
Mahsulot afzalligi
Kuchli klinik moslashuvchanlik: balg'am namunalarini madaniyatsiz o'z-o'zini suyultiruvchi vosita bilan to'g'ridan-to'g'ri aniqlash mumkin.
Eksperimental operatsiya oddiy: kuchaytirish operatsiyasining birinchi bosqichi oddiy va kutubxona qurilishi 3 soat ichida yakunlanadi, bu ish samaradorligini oshiradi.
Keng qamrovli terish va dori-darmonlarga chidamlilik: klinik ahamiyatga ega bo'lgan MTB va NTM ning terish va dori-darmonlarga chidamlilik joylarini qamrab olish, aniq terish va dori qarshiligini aniqlash, mustaqil tahlil dasturlarini qo'llab-quvvatlash va bir marta bosish bilan tahlil hisobotlarini yaratish.
Moslik: mahsulotning mosligi, asosiy ILM va MGI/ONT platformalariga moslashish.
Mahsulot spetsifikatsiyasi
| Mahsulot kodi | mahsulot nomi | Aniqlash platformasi | spetsifikatsiyalar |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakteriyalarni tiplash va dori qarshiligini aniqlash to'plami (multipleksli kuchaytirish usuli) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Yuborilgan vaqt: 2024 yil 23-yanvar